L’IECB en pointe sur la mobilité ionique

La plateforme de Biophysico-Chimie Structurale de l’IECB est maintenant équipée d’un spectromètre de mobilité ionique de pointe ; le premier à tube de dérive disponible en plateforme en Europe !

En juillet 2014, l’IECB a acquis son nouveau spectromètre de mobilité ionique Agilent 6560 ESI-IMS-Q-TOF ; un tube de dérive de haute résolution, ultrasensible, et couplé à un analyseur en masse TOF de dernière génération.

Initialement calibré pour réaliser les mesures sous Azote, l’appareil est également opérationnel sous Hélium depuis janvier 2015.

En mesurant les vitesses de déplacement de molécules ou de complexes moléculaires soumis à un champ électrique faible, la spectrométrie de mobilité ionique (IMS) apporte la 3^ème dimension qu’il manquait à la spectrométrie de masse : la conformation spatiale des molécules ou des complexes analysés.

Partant du principe que chaque conformation moléculaire a un temps de parcours spécifique (inversement proportionnel à la mobilité), l’IMS donne ainsi des indications sur la structure tridimensionnelle d’une molécule*. L’assignement structural est ensuite réalisé grâce à la modélisation moléculaire.

Ces nouvelles données sont particulièrement intéressantes pour déterminer la structure ou le repliement de molécules biologiques telles que des protéines ou acides nucléiques, mais également des complexes moléculaires. En outre l’IMS est un outil incontournable pour mieux connaitre les mécanismes d’interaction et d’auto-assemblage de complexes supramoléculaires comme les G-quadruplexes ou les foldamères, sur lesquels de nombreuses équipes de l’IECB travaillent.

Installé sur le plateau technique auquel est adossée l’équipe de recherche du Dr. Valérie Gabelica, spécialiste de la spectrométrie de masse des acides nucléiques et complexes supramoléculaires, ce spectromètre bénéficie non seulement aux différentes équipes de l’IECB mais également à la communauté scientifique européenne via le réseau COST BM1403.

Il a été financé à 50% par le Conseil Régional d’Aquitaine et à 50% par le GIS IBISA, le CNRS, l’Inserm, l’IECB et la bourse ATIP-Avenir obtenue par Dr. Valérie Gabelica lorsqu’elle a rejoint l’IECB en 2013.

*: Théorie de l’IMS : Plus une molécule est petite ou repliée, plus elle se déplacera rapidement dans le tube car elle subira moins de friction, et inversement pour une molécule largement déployée.

Un tutoriel est également disponible en open access : http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jms.3590/full

V. D’Atri, M. Porrini, F. Rosu, V. Gabelica, Special feature: tutorial. “Linking molecular models with ion mobility experiments. Illustration with a rigid nucleic acid structure”, J. Mass Spectrom. (2015), 50(5), 711-726 (issue cover).